Keanekaragaman Genetik Padi (Oryza sativa L.) Lokal Sumatera Utara dengan Menggunakan Penanda Simple Sequence Repeat (SSR)

Abstract

Analysis genetic diversity of local rice Sumatera Utara can be done using molecular markers, one of which is the Simple Sequence Repeat (SSR). The four primer SSR is primer RM 20, RM 580, RM 413 and RM 131 used to this research for analysis genetic diversity of 11 colection from local rice of Sumatera Utara and 1 colection rice hybrid. Amplificafed alel with Polymerase Chain Reaction (PCR) had electroforesis in gel agarose. The final totals get 82 band taht determinated by 200bp-1769bp in all primer. The higher polymorphic band in primer RM 20 as many as 19 band DNA and the lowest polymorphic band in primer RM 131 as many as 9 band DNA. The highest percentage of polymorphic band exist in primer RM 413 as many as 84.61%. The data is grouped by using Unweight Pair Group Method with Arithme Average (UPGMA) to present the data in the form dendogram. The result shows that there are five groups with the similarity coefficient values is 0.58 to 1.00 (58% -100%).

Analisis keanekeragaman genetik padi lokal Sumatera Utara dapat dilakukan dengan menggunakan penanda molekular, salah satunya adalah Simple Sequence Repeat (SSR). Dalam penelitian ini digunakan 4 primer SSR yaitu primer RM 20, RM 580, RM 413 dan RM 131 untuk menganalisis keanekaragaman genetik dari 11 koleksi padi lokal Sumatera Utara dan 1 koleksi padi hibrida. Alel-alel yang diamplifikasi melalui Polymerase Chain Reaction (PCR) dielektroforesis dengan gel agarose. Total terdapat 82 pita DNA yang dideteksi dengan ukuran 200bp-1769bp di seluruh primer yang diuji. Pita polimorfik tertinggi terdapat pada primer RM 20 sebanyak 19 pita DNA dan pita polimorfik terendah pada primer RM 131 yaitu sebanyak 9 pita DNA. Persentase pita polimorfik yang paling tinggi diperoleh pada primer RM 413 sebesar 84,61%. Data dikelompokkan dengan menggunakan metode Unweight Pair Group Method with Arithme Average (UPGMA) untuk menyajikan data dalam bentuk dendogram. Hasilnya menunjukkan terdapat 5 kelompok yang mengelompok secara acak dan berdasarkan sebaran wilayahnya, dengan nilai koefisien kemiripan yang diperoleh sebesar 0,58-1,00 (58%-100%).