Deteksi Rice Tungro Bacilliform Virus (rtbv) Penyebab Penyakit Tungro pada Tanaman Padi (oryza sativa l.) di Kabupaten Simalungun Sumatera Utara dengan Teknik PCR

Abstract

Rice Tungro Bacilliform Virus (RTBV) is a virus causes tungro disease on rice plants. The virus causes a decreasing of rice crops production in Simalungun District. RTBV cannot be diagnosed only by looking at morphological symptoms of rice leaves. Therefore this research was conducted to examine the RTBV molecularly by using PCR (Polymerase Chain Reaction) techniques. A total of 20 rice leaf that suspected had the RTBV were collected. The samples were analyzed morphologically and also assayed the RTBV by PCR. Base on its leaves, the RTBV showed varied morpholocal symptons such as: dwarf, a small number of tillers, shortened leaf blades and midrib, rust spots, yellowing of leaves, dark spots on leaves, and interveinal chlorosis. Analysis of the similarity of disease symptoms using the Unwight Pair Group Method with Arithmetic Average (UPGMA) method showed a dendrogram which a 16 samples had 100% similarity and categorized at four groups. PCR analyzed using a specific pair of RTBV primers showed that all samples collected were infected with RTBV which was marked by the presence of 430 bp of RTBV virus DNA fragments in all rice plant samples. The anatomical results in the form of stomata density showed that healthy chili plants had a higher stomata density than those infected of RTBV.

Rice Tungro Bacilliform Virus (RTBV) merupakan salah satu virus penyebab penyakit tungro yang menyerang tanaman padi. Serangan virus ini dapat menimbulkan penurunan produksi padi di kabupaten Simalungun. Deteksi RTBV hanya dengan melihat gejala morfologinya saja tidak dapat memberi hasil yang akurat karena RTBV memiliki gejala yang hampir sama dengan penyakit akibat virus lainnya. Oleh karena itu penelitian ini dilakukan untuk mendeteksi RTBV secara molekuler dengan menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Sebanyak 20 sampel daun tanaman padi bergejala virus dikoleksi dari 20 desa di kabupaten Simalungun, selanjutnya diekstraksi DNA genom dari sampel daun tersebut untuk di PCR. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gejala yang ditemukan dilapangan bervariasi pada tanaman padi, seperti tanaman berukuran kerdil, jumlah anakan sedikit, helaian dan pelepah daun memendek, bercak karat, daun menguning, bintik gelap pada daun dan klorosis interveinal. Analisis kemiripan gejala penyakit dengan metode Unwight Pair Group Method with Arithmetic Average (UPGMA) menghasilkan dendogram yang menunjukkan bahwa 16 sampel uji tanaman dengan kemiripan 100% mengelompok dalam 4 kelompok kemiripan. PCR menggunakan sepasang primer spesifik RTBV menunjukkan semua sampel yang dikoleksi terinfeksi RTBV yang ditandai adanya fragmen DNA virus RTBV berukuran 430 bp pada seluruh sampel tanaman padi. Hasil anatomi berupa kerapatan stomata menunjukkan tanaman cabai sehat memiliki kerapatan stomata yang lebih tinggi dibanding dengan tanaman terinfeksi RTBV.