Keragaman Genetik Ikan dan Udang dari Ekosistem Mangrove Sumatera Utara dan Aceh dengan Menggunakan Gen 16S

Abstract

Mangrove merupakan ekosistem yang sangat khas dengan tingkat diversitas flora maupun fauna yang tinggi. Meskipun demikian, ekosistem mangrove juga menjadi salah satu lokasi yang paling rentan terhadap kepunahan akibat tingginya gangguan yang terjadi. Beberapa jenis yang rentan terhadap gangguan tersebut adalah ikan dan udang. Penggunaan DNA barcode dianggap cara yang cukup efektif untuk mengevaluasi kondisi populasi ikan dan udang di Sumatera Utara. Oleh karenanya penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan informasi keberhasilaan metode kit dan pola amplifikasi marka barcoding 16S untuk ikan dan udang dan menganalisis keragaman genetik ikan dan udang di ekosistem mangrove Sumatera Utara. Untuk mencapai tujuan tersebut penelitian ini dilakukan melalui tahapan pengambilan sampel dari lima ekosistem mangrove Sumatera Utara yaitu Percut, Belawan, Lubuk Kertang, Pulau Sembilan dan Langsa, isolasi DNA dengan metode kit extraction dan Amplifikasi dengan PCR (Polymerase Chain Reaction). Keragaman genetik dianalisis menggunakan software Gen Alex 6.51 dan kekerabatan antar spesies dilakukan dengan menggunakan aplikasi MVSP 3.22. Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode kit extraction menghasilkan pola pita yang bervariasi tebal, tipis bahkan smear. Hasil amplifikasi PCR dengan gen 16S menunjukkan pola pita yang baik. Hasil analisis keragaman genetik menunjukkan bahwa keragaman genetik ikan dan udang asal ekosistem mangrove tergolong tinggi dimana Heterozigositas sebesar 0,926. Hasil kekerabatan antar spesies menunjukkan bahwa semua sampel mengelompok menjadi 2 klaster dengan distribusi acak, kecuali sampel LGS yang hanya ditemukan pada subklaster A1.

Mangrove is a very typical ecosystem with a high level of diversity of flora and fauna. However, mangrove ecosystems are also one of the most vulnerable locations to extinction due to the high disturbances that occur. Some of the species that are susceptible to such disturbances are fish and shrimp. The use of barcode DNA is considered a fairly effective way to evaluate the condition of fish and shrimp populations in North Sumatra. Therefore, this study aims to obtain information on the success of kit methods and amplification patterns of barcoding marks 16S for fish and shrimp and analyze the genetic diversity of fish and shrimp in mangrove ecosystems North Sumatra. For those pupose, this research were conducted through the sampling collection of five mangrove ecosystems in North Sumatra, namely Percut, Belawan, Lubuk Kertang, Pulau Sembilan and Langsa, DNA isolation performed with kit extraction and amplification method with PCR (Polymerase Chain Reaction). Genetic diversity was analyzed using Gen Alex 6.51 software and kinship between species was performed using the MVSP 3.22 application. The results showed that the kit extraction method produced a pattern of tape that varied thick, thin and even smear. PCR amplification results with the 16S gene showed a good band pattern. The results of the genetic diversity analysis showed that the genetic diversity of fish and shrimp from mangrove ecosystems is relatively high with Heterozigozity value is 0.926. Genetic relatedness between species show that all samples clustering into two clades and random distributed in all clade except LGS samples that only found in subclass A1.