Uji Sensitivitas dan Spesifisitas Spesimen Saliva Pasien Covid-19 Menggunakan Pemeriksaan Polymerase Chain Reaction untuk Identifikasi Infeksi Sars-Cov-2 di Kota Medan

Abstract

Background. COVID-19 is an on-going global pandemic. The disease is caused by Coronavirus belongs to the family of Human Coronavirus known as Novel Coronavirus 2019. Transmission occurs through droplets at a rapid rate. The prevalence of COVID-19 infection as of June 29th, 2021, has reached 181.176.115 million cases globally with 2.156.465 of cases in Indonesia. North Sumatera is one of the areas with high local transmission rates, it reach a 36.083 of confirmed cases has been reported. There is no specific treatment for COVID- 19 infection yet, it is essential to have early diagnosis to prevent a worsen condition and further transmission to the community. COVID-19 diagnosis can be done by Reverse Transcription Polymerase Chain ReaCtion (RT-PCR) from respiratory samples as one of the primary indicator for inpatient care. Objective. The aim of this study is to compare the sensitivity and the cycle threshold values of SARS-CoV2 using Polymerase Chain ReaCtion tests from naso-oropharyngeal and saliva swab specimens from COVID-19 confirmed patients. Methods. This is an analitic study with a cross-sectional design, using primary data from COVID- 19 patient data form obtained from the Republic of Indonesia Ministry of Health. RT-PCR tests were performed on collected naso-oropharyngeal and saliva swab samples. Subjects admitted to the COVID-19 referral hospitals in North Sumatera province and self isolation will be enrolled. Result. Sensitivity of saliva specimen was 81.5%, it’s specificity was 76.4%, positive predictive value 92.3%, negative predictive value 54.1%, positive likelihood ratio was 3.45 and it’s negative likelihood ratio was 0.24. Conclusion. PCR examination of saliva specimen can be used as an alternative in diagnosing someone COVID-19 confirmed positive.

Latar belakang. COVID-19 adalah pandemik yang sedang berlangsung di berbagai negara saat ini. Penyakit ini disebabkan oleh Coronavirus yang termasuk dalam golongan Human Coronavirus yang dikenal dengan nama Novel Corona Virus 2019. Penularan melalui droplet (cipratan saliva) sangat cepat terjadi pada infeksi COVID-19. Prevalensi infeksi COVID-19 hingga saat ini telah mencapai 181.176.115 kasus secara global, Indonesia sendiri sudah menyentuh angka 2.156.465 kasus positif. Pulau Sumatera Utara merupakan salah satu dari area dengan kasus transmisi lokal yang tinggi dengan kasus infeksi COVID-19 terkonfirmasi telah mencapai 36.083 kasus. Belum ditemukannya pengobatan khusus untuk infeksi COVID-19, penting halnya saat ini untuk mendeteksi penyakit pada tahap awal, dan mengisolasi orang yang terinfeksi dari populasi sehat untuk mencegah perjalanan penyakit yang berat dan penularan lebih lanjut. Diagnosis COVID-19 harus dikonfirmasi oleh Reverse Transcription polymerase chain reaCtion (RT-PCR) dari spesimen pernafasan sebagai salah satu indikator utama untuk rawat inap. Tujuan. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan sensitivitas dan nilai cycle threshold (Ct) pada diagnosis COVID-19 dengan pemeriksaan Polymerase Chain Reaction (PCR) dari sampel swab naso-orofaring dan saliva pada pasien terkonfirmasi COVID-19. Metode. Penelitian ini merupakan penelitian analitik dengan desain penelitian cross-sectional, menggunakan pemeriksaan RT-PCR pada sampel swab naso-orofaring dan saliva. Sampel penelitian dipilih dengan metode total kuota sampling dari pasien positif COVID-19 yang dirawat inap di RS rujukan COVID-19 Sumatera Utara dan yang melakukan isolasi mandiri. Hasil. Pada penelitian ini didapatkan nilai sensitivitas sebesar 81,5%, dan spesifisitas sebesar 76,4%, nilai duga positif 92,3%, nilai duga negatif 54,1%, rasio kemungkinan positif 3,45 , rasio kemungkinan negatif 0,24. Kesimpulan. Pemeriksaan PCR dari spesimen saliva bisa dijadikan sebagai alternatif pilihan dalam menegakkan diagnosa seseorang terkonfirmasi positif COVID-19.