Evaluasi Keakuratan Metode Kit Ekstraksi RNA pada Pemeriksaan Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) di Kota Medan Provinsi Sumatera Utara

Abstract

Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) is a group of corona viruses within the genus betacoronavirus which is the etiology of COVID- 19. This virus attacks human and mammal, human infected with this virus generally have symptoms ranging from common influenza to severe illness. The current examination of SARS-CoV-2 is a rapid test, antigen swab and PCR swab. Examination of SARS-CoV-2 by RT-PCR is the method recommended by the World Health Organization. The RNA extraction step is one of the most important steps in the RT-PCR examination. At this time, the use of RNA extraction kits in each hospital and laboratory for handling COVID-19 varied including in Medan, Province of North Sumatra. The purpose of this study was to determine the differences in Ct obtained in the same sample with different kits using nasopharyngeal swab samples from the people of North Sumatra at the Center for Environmental Health Engineering Disease Control Medan using the BioTeke, Maccura and iNtRON extraction kit used by the Microbiology Laboratory, Faculty of Medicine, Universitas Sumatera Utara. The data were analyzed by the Chi-Square test with a significant value of p<0.05. The results of this study obtained differences in the range of Ct in the target gene, such as the target of gene-E had a value range of 0 to 1.187. The target gene for ORF1ab had a value range of 0 to 9.132. In the target gene, N had a value range of 0 to 6.664. Based on the Chi-Square test, there was no significant difference in the treatment of three different kits on the same sample. The extraction kit used does not change the final result of the patient's diagnosis because the final diagnosis of each kit is the same.

Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus (SARS-CoV-2) merupakan golongan virus corona dari genus betacoronavirus yang menjadi etiologi COVID-19. Virus ini dapat menyerang manusia dan hewan mamalia, manusia yang terinfeksi virus ini umumnya memiliki gejala yang beragam mulai dari influenza biasa hingga penyakit yang parah. Pemeriksaan SARS-CoV-2 saat ini adalah dengan menggunakan rapid test, swab antigen dan swab PCR. Pemeriksaan SARS-CoV-2 dengan RT-PCR merupakan metode yang direkomendasikan oleh World Healt Organization. Tahapan ekstraksi RNA merupakan salah satu tahapan terpenting dalam pemeriksaan RT-PCR. Pada saat ini penggunaan kit ektraksi RNA disetiap rumah sakit dan laboratorium penanganan COVID-19 banyak yang berbeda, termasuk di Medan provinsi Sumatra Utara. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui perbedaan Ct yang diperoleh pada sampel yang sama dengan kit yang berbeda menggunakan sampel swab nasofaring dari masyarakat Sumatra Utara di Balai Teknik Kesehatan Lingkungan Pengendalian Penyakit Medan menggunakan kit ekstraksi BioTeke, Maccura dan iNtRON yang digunakan oleh Laboratorium Mikrobiologi, Fakultas Kedokteran, Universitas Sumatera Utara. Data yang didapat dianalisis menggunakan uji Chi-Square dengan nilai signifikan p<0,05. Hasil penelitian ini didapatkan perbedaan range Ct pada gen target yakni pada gen target E memiliki nilai range 0 sampai 1,187. Pada gen target ORF1ab memiliki nilai range 0 sampai 9,132. Pada gen target N memiliki nilai range 0 sampai 6,664. Berdasarkan uji Chi-Square tidak terdapat perbedaan signifikan terhadap perlakuan tiga kit berbeda pada sampel yang sama. Kit ekstraksi yang digunakan tidak merubah hasil akhir diagnosa pasien karena hasil akhir diagnosa setiap kit sama.