Keanekaragaman Genetik Durian (Durio Zibethinus Murr.) di Kabupaten Mandailing Natal Menggunakan Marka Simple Sequence Repeats (SSR

Abstract

North Sumatra is known as one of durian production centers in Indonesia. Among all the districts in North Sumatra, Durian at Mandailing Natal District has high quality. unique and also has special characteristics. The aim of the study was to analyze the genetic diversity of durian in Mandailing Natal Regency by using Simple Sequence Repeats Markers (SSR Markers). Ten trees of Durian were selected randomly from each sub-district (Bukit Malintang, Panyabungan and Siabu) with the total samples were 30 durian trees. Morphological characterization and DNA extraction were obtained from 30 durian collections of Mandailing Natal. SSR amplification were used by the KIT method and using 6 SSR primers namely Dz844, DzGCAG01, DzMTb021, Dz621, Dz535, and Dz504. The amplified band was calculated to get the percentage of polymorphism and then translated as binary data, The data then analyzed by using the Numerical Taxonomy and Multivariate System (NTSys) program and grouped by using the Unweighted Pair Group Method With Arithme Average (UPGMA) method. Among the primers used, Primer Dz535 was a primer with a high percentage of polymorphism reaching 97%. Primer DzMTb021 was a primer with a low polymorphism percentage of 73%. Based on genetic diversity analysis using 6 SSR primers,the durian from Bukit Malintang sub-district were grouped into one cluster at a similarity coefficient of 0.63, tthe durian from Panyabungan sub-district were also grouped into one cluster at a similarity coefficient of 0.71 and the last durian from Siabu sub-district were grouped into one cluster at a similarity coefficient of 0.69. base on the SSR Markers method, all durians from Mandailing Natal durians have a fairly high genetic diversity and are grouped into one cluster at a similarity coefficient of 0.62.

Sumatera Utara adalah salah satu pusat produksi durian di Indonesia. Kabupaten yang termasuk pusat produksi durian di Sumatera Utara adalah Kabupaten Mandailing Natal. Durian asal kabupaten Mandailing Natal memiliki kualitas yang tinggi dan memiliki keunikan serta karakteristik khusus masing-masing. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keanekaragaman genetik durian di Kabupaten Mandailing Natal. Tanaman durian dikoleksi secara acak terpilih yang berasal dari sepuluh pohon dari masing-masing kecamatan (Bukit Malintang, Panyabungan serta Siabu). Karakterisasi morfologi dan ekstraksi DNA berasal dari 30 koleksi durian Mandailing Natal. Amplifikasi SSR menggunakan metode KIT dan memakai 6 primer SSR yaitu Dz844, DzGCAG01, DzMTb021, Dz621, Dz535, serta Dz504. Pita hasil amplifikasi dihitung persentase polimorfismenya lalu diterjemahkan sebagai data biner, lalu dianalisis memakai program Numerical Taxonomy and Multivariate System (NTSys) dan dikelompokkan menggunakan metode Unweighted Pair Group Method With Arithme Average (UPGMA). Primer Dz535 merupakan primer dengan persentase polimorfisme yang tinggi mencapai 97%. Primer DzMTb021 adalah primer dengan persentase polimorfisme yang rendah sebesar 73%. Berdasarkan analisis keanekaragaman dengan menggunakan 6 primer SSR, sepuluh koleksi durian dari Kecamatan Bukit Malintang mengelompok menjadi satu kluster pada koefisien kemiripan 0.63, sepuluh koleksi durian dari Kecamatan Panyabungan mengelompok menjadi satu kluster pada koefisien kemiripan 0.71 dan sepuluh koleksi dari Kecamatan Siabu mengelompok menjadi satu kluster pada koefisien kemiripan 0.69. Tiga puluh koleksi durian Mandailing Natal memiliki keanekaragaman genetik yang cukup tinggi dan mengelompok menjadi satu kluster pada koefisien kemiripan 0.62.